Replace packrat with renv
JulioV
parent
07fe3e10af
commit
f0674122ff
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@ -108,3 +108,5 @@ reports/
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.RData
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.RData
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.Rhistory
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.Rhistory
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sn_profile_*/
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sn_profile_*/
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renv/
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@ -20,9 +20,11 @@ install:
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- conda env create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION --file environment.yml
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- conda env create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION --file environment.yml
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- conda activate test-environment
|
- conda activate test-environment
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before_script:
|
before_script:
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- snakemake packrat_install
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# Install renv and library
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- snakemake packrat_init
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- snakemake renv_install
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- snakemake packrat_restore
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- snakemake renv_init
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- snakemake renv_restore
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script:
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script:
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- cp -r tests/data/raw/* data/raw
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- cp -r tests/data/raw/* data/raw
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- snakemake --profile tests/settings -R sms_features
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- snakemake --profile tests/settings -R sms_features
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@ -1,5 +1,5 @@
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configfile: "config.yaml"
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configfile: "config.yaml"
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include: "rules/packrat.snakefile"
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include: "rules/renv.snakefile"
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include: "rules/preprocessing.snakefile"
|
include: "rules/preprocessing.snakefile"
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||||||
include: "rules/features.snakefile"
|
include: "rules/features.snakefile"
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||||||
include: "rules/models.snakefile"
|
include: "rules/models.snakefile"
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@ -1,889 +0,0 @@
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PackratFormat: 1.4
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PackratVersion: 0.5.0
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RVersion: 4.0.0
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Repos: CRAN=http://CRAN.R-project.org
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Package: BDgraph
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Source: CRAN
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Version: 2.62
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Hash: b4a039aae1d9b388edad2cb552a48986
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||||||
Requires: igraph
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||||||
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||||||
Package: BH
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||||||
Source: CRAN
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||||||
Version: 1.72.0-3
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||||||
Hash: fc53be86f0b712d3de03fef95893d710
|
|
||||||
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||||||
Package: DBI
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.0
|
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Hash: d1075050684753e939c45775617c8f38
|
|
||||||
|
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||||||
Package: DEoptimR
|
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||||||
Source: CRAN
|
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||||||
Version: 1.0-8
|
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Hash: adc74e88e85eabe6c7d73db6a86fe6cf
|
|
||||||
|
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||||||
Package: Formula
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.2-3
|
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||||||
Hash: 9772da3bc51603a19a2b75f008fd63e3
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: Hmisc
|
|
||||||
Source: CRAN
|
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||||||
Version: 4.4-0
|
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||||||
Hash: e366ce9f239d290d8b92e3fadf15964c
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||||||
Requires: Formula, acepack, base64enc, cluster, data.table, foreign,
|
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||||||
ggplot2, gridExtra, gtable, htmlTable, htmltools, lattice,
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||||||
latticeExtra, nnet, rpart, survival, viridis
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||||||
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||||||
Package: MASS
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 7.3-51.6
|
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||||||
Hash: 47458df73ed4da338cb6389dd0e95bc1
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: Matrix
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.2-18
|
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||||||
Hash: 54974505e2addac3ec63f9d4bf8ff98a
|
|
||||||
Requires: lattice
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: R6
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.4.1
|
|
||||||
Hash: b488861d8c3dfac497e041ec911df9fb
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: RColorBrewer
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1-2
|
|
||||||
Hash: c0d56cd15034f395874c870141870c25
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: RMySQL
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.10.20
|
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||||||
Hash: 186373736410b8f2dc210e1d1a3269ce
|
|
||||||
Requires: DBI
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: Rcpp
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.0.4.6
|
|
||||||
Hash: 8b95553bc32a59321b8981aa02bfbf72
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: RcppArmadillo
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.9.870.2.0
|
|
||||||
Hash: 1863f53d91042927b28dc13196e14de4
|
|
||||||
Requires: Rcpp
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: RcppEigen
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.3.3.7.0
|
|
||||||
Hash: ec0ffedd6cbbf36ece8e9ceb93cf3ebe
|
|
||||||
Requires: Matrix, Rcpp
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: abind
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4-5
|
|
||||||
Hash: 1ceb86ef5ebe776ed4753ab6165eb6d7
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: acepack
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.1
|
|
||||||
Hash: 5ed3b04bc1fa1a934188fc6022d3ba7c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: askpass
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1
|
|
||||||
Hash: 6f6c430e3cd0dd7d48f447700f4d7e7f
|
|
||||||
Requires: sys
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: assertthat
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.2.1
|
|
||||||
Hash: 622be49032fe50bd42e96aaef613e209
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: backports
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.6
|
|
||||||
Hash: 9bcc452d2494e85b970cdcc2889932ff
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: base64enc
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.1-3
|
|
||||||
Hash: c590d29e555926af053055e23ee79efb
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: broom
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.5.6
|
|
||||||
Hash: 837e20e17692b6d1cc0383e8cbbd1fc1
|
|
||||||
Requires: backports, dplyr, generics, nlme, purrr, reshape2, stringr,
|
|
||||||
tibble, tidyr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: callr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.4.3
|
|
||||||
Hash: e9b50bc56e655025fde6f2f4b65154de
|
|
||||||
Requires: R6, processx
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: cellranger
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.0
|
|
||||||
Hash: be9d203e7849f73818b36f93e9273c2c
|
|
||||||
Requires: rematch, tibble
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: checkmate
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.0.0
|
|
||||||
Hash: a3e368141b284ff08e4ef2e97ae01c53
|
|
||||||
Requires: backports
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: cli
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.0.2
|
|
||||||
Hash: 6fc0b39f0fdbe3a025062807019e1180
|
|
||||||
Requires: assertthat, crayon, fansi, glue
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: clipr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.7.0
|
|
||||||
Hash: 30cdec6c8cc62c80c485e6bdd0c02b05
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: cluster
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.1.0
|
|
||||||
Hash: 697b650cb712ca63d098f828195e126c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: codetools
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.2-16
|
|
||||||
Hash: eb51f6f32efbc11c76c48b9c4307f1b5
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: colorspace
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4-1
|
|
||||||
Hash: 60a56e9998b8b58ee378db3dc91b27a5
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: corpcor
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.6.9
|
|
||||||
Hash: f641167f85158bfc7cd4b97ac1c26701
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: crayon
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.3.4
|
|
||||||
Hash: ff2840dd9b0d563fc80377a5a45510cd
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: curl
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 4.3
|
|
||||||
Hash: 3916ae5637dbaf5996dbde80ea92a047
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: d3Network
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.5.2.1
|
|
||||||
Hash: b1fa527cfca8a0196080db8cbfc41996
|
|
||||||
Requires: plyr, rjson, whisker
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: data.table
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.12.8
|
|
||||||
Hash: 283ad0e503ab521300c6d1d02e58d2ae
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: dbplyr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.3
|
|
||||||
Hash: 92ccb2003fb6c8087b5b979b2ff00cdb
|
|
||||||
Requires: DBI, R6, assertthat, dplyr, glue, lifecycle, purrr, rlang,
|
|
||||||
tibble, tidyselect
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: desc
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.2.0
|
|
||||||
Hash: a0a3ca939997679a52816bae4ed6aaae
|
|
||||||
Requires: R6, assertthat, crayon, rprojroot
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: digest
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.6.25
|
|
||||||
Hash: ec0a673866797c8c1fc1daa359fb4cad
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: dplyr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.8.5
|
|
||||||
Hash: ab9ffae1e3d7f8fbd2541a4795097977
|
|
||||||
Requires: BH, R6, Rcpp, assertthat, ellipsis, glue, magrittr,
|
|
||||||
pkgconfig, plogr, rlang, tibble, tidyselect
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: ellipsis
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.3.0
|
|
||||||
Hash: 30b58109e4d7c6184a9c2e32f9ae38c6
|
|
||||||
Requires: rlang
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: entropy
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.2.1
|
|
||||||
Hash: ccff926ff232f7c19b4c84bab3d3d6d3
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: evaluate
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.14
|
|
||||||
Hash: 18306cc3bc1aec7b7360eea8a0eb0ee1
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: fansi
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.4.1
|
|
||||||
Hash: fc0a252b8e427847d13e89f56ab4665e
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: farver
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.0.3
|
|
||||||
Hash: 29a358c21cb8de2e424cbec6b6be6553
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: fastmap
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.0.1
|
|
||||||
Hash: d272cd728e4095b3964181b44763f46c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: fdrtool
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.2.15
|
|
||||||
Hash: 6dbd4c19768feb4d89cc0c1d1672ef1c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: forcats
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.5.0
|
|
||||||
Hash: 6b130778caccc8e4e6cf498c76c84e7b
|
|
||||||
Requires: ellipsis, magrittr, rlang, tibble
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: foreach
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.5.0
|
|
||||||
Hash: c9c60cdc198186eeed64f51afc9ae14a
|
|
||||||
Requires: codetools, iterators
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: foreign
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.8-79
|
|
||||||
Hash: 4803ccc893c426adb9e04a39ca043c1e
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: fs
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.1
|
|
||||||
Hash: 6fc750e04d9d781e83d38c2f12958c80
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: generics
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.0.2
|
|
||||||
Hash: 4aaf002dd434e8c854611c5d11a1d58e
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: ggforce
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.3.1
|
|
||||||
Hash: d650409654cf6c4a4aa1db8205343be5
|
|
||||||
Requires: MASS, Rcpp, RcppEigen, ggplot2, gtable, polyclip, rlang,
|
|
||||||
scales, tidyselect, tweenr, withr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: ggplot2
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.3.0
|
|
||||||
Hash: 0c4c6d28acdded392fce8d3d65f088de
|
|
||||||
Requires: MASS, digest, glue, gtable, isoband, mgcv, rlang, scales,
|
|
||||||
tibble, withr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: ggraph
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.0.2
|
|
||||||
Hash: 7c3e818df256850b3ae3a539f57a4b0e
|
|
||||||
Requires: MASS, Rcpp, digest, dplyr, ggforce, ggplot2, ggrepel,
|
|
||||||
graphlayouts, gtable, igraph, rlang, scales, tidygraph, viridis
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: ggrepel
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.8.2
|
|
||||||
Hash: b240026d0e6cbcb8c8c9078514401c25
|
|
||||||
Requires: Rcpp, ggplot2, scales
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: glasso
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.11
|
|
||||||
Hash: 1a146bf6cfa92e8fe8e7b9db51bfadb8
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: glmnet
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.0-2
|
|
||||||
Hash: 7d5eccffd908081bb245b18c7f5b5a97
|
|
||||||
Requires: Matrix, foreach, shape
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: glue
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.0
|
|
||||||
Hash: 21e4ea62a77239a9fc736d5b01338163
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: graphlayouts
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.7.0
|
|
||||||
Hash: e048b9fccf92ec7644f8e15afda65e74
|
|
||||||
Requires: Rcpp, RcppArmadillo, igraph
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: gridExtra
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.3
|
|
||||||
Hash: fa977bc1aab5588a08123b10ceb1ad3d
|
|
||||||
Requires: gtable
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: gtable
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.3.0
|
|
||||||
Hash: a9e7b0666eb933a0cb36779240b4462e
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: gtools
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.8.2
|
|
||||||
Hash: c157b036aad8f9889c810af94f9c7c6a
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: haven
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.2.0
|
|
||||||
Hash: 7d1e485a3083e66f7812f417dfa4c5c5
|
|
||||||
Requires: Rcpp, forcats, hms, readr, rlang, tibble, tidyselect
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: highr
|
|
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Version: 0.5.3
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Source: CRAN
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|
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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|
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|
|
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tidyselect
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Source: CRAN
|
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|
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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|
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|
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Source: CRAN
|
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Version: 0.5.0
|
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|
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|
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Source: CRAN
|
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Version: 1.4-2
|
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|
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Version: 0.6.0
|
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|
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Source: CRAN
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|
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|
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|
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|
|
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|
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Source: CRAN
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Version: 0.2.0
|
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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|
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|
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|
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Source: CRAN
|
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|
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|
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Source: CRAN
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|
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|
|
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|
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Source: CRAN
|
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|
|
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Source: CRAN
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|
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Package: purrr
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Source: CRAN
|
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Version: 0.3.4
|
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|
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Source: CRAN
|
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Version: 1.6.5
|
|
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|
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Requires: BDgraph, Hmisc, Matrix, Rcpp, abind, colorspace, corpcor,
|
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|
|
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|
|
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tidygraph
|
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Source: CRAN
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Version: 1.3.1
|
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Hash: 9265e661634ee2d5c89d93d5551fbc58
|
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|
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||||||
|
|
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Package: readxl
|
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Source: CRAN
|
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||||||
Version: 1.3.1
|
|
||||||
Hash: ea27b2cd7e0e03266f819c5731d70333
|
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||||||
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|
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Package: rematch
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Source: CRAN
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Version: 1.0.1
|
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Source: CRAN
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|
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Version: 4.1-15
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Source: CRAN
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Source: CRAN
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Version: 0.3.5
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|
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||||||
|
|
||||||
Package: scales
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.0
|
|
||||||
Hash: fa53af4e3ceba05fc79a31bde5962445
|
|
||||||
Requires: R6, RColorBrewer, farver, labeling, lifecycle, munsell,
|
|
||||||
viridisLite
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: selectr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.4-2
|
|
||||||
Hash: b915e37654e476cbad2ceb063a2b8edb
|
|
||||||
Requires: R6, stringr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: shape
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.4
|
|
||||||
Hash: d9ee1bfe0f9d8e442b96dc78ac12223c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: shiny
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.0.2
|
|
||||||
Hash: 42d22fabaa1b11b7b7e4a9f623b4641a
|
|
||||||
Requires: R6, crayon, digest, fastmap, htmltools, httpuv, jsonlite,
|
|
||||||
later, mime, promises, rlang, sourcetools, xtable
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: sourcetools
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.1.7
|
|
||||||
Hash: d093478ac90064e670cd4bf1a99b47b6
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: stringi
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.6
|
|
||||||
Hash: 076b0f115b37ca6d551ccff96b91114e
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: stringr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.4.0
|
|
||||||
Hash: 67da32dbb2a7a16f2ef124336358e54a
|
|
||||||
Requires: glue, magrittr, stringi
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: survival
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.1-12
|
|
||||||
Hash: 80402302438ca37d889c88a475901c3d
|
|
||||||
Requires: Matrix
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: sys
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.3
|
|
||||||
Hash: d5a4afad9298f42aae77f6389713a066
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: testthat
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.3.2
|
|
||||||
Hash: 5a3a20ddc31b2aa228dab6d29bd43948
|
|
||||||
Requires: R6, cli, crayon, digest, ellipsis, evaluate, magrittr,
|
|
||||||
pkgload, praise, rlang, withr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tibble
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 3.0.1
|
|
||||||
Hash: 00d3817b8530e9ce9b465aeef293a011
|
|
||||||
Requires: cli, crayon, ellipsis, fansi, lifecycle, magrittr, pillar,
|
|
||||||
pkgconfig, rlang, vctrs
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tidygraph
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.2
|
|
||||||
Hash: 7abc667bc8800948b0e9aa79ceec9e2b
|
|
||||||
Requires: R6, Rcpp, dplyr, igraph, magrittr, pillar, rlang, tibble,
|
|
||||||
tidyr
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tidyr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.0.2
|
|
||||||
Hash: 7183ff9a4d4c4680bd1e6f79086c6405
|
|
||||||
Requires: Rcpp, dplyr, ellipsis, glue, lifecycle, magrittr, purrr,
|
|
||||||
rlang, stringi, tibble, tidyselect, vctrs
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tidyselect
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.0.0
|
|
||||||
Hash: 0ba21f624978533adf670338aa3f86b4
|
|
||||||
Requires: ellipsis, glue, purrr, rlang, vctrs
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tidyverse
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.3.0
|
|
||||||
Hash: b909ba2b6349072c6376f95a816fe932
|
|
||||||
Requires: broom, cli, crayon, dbplyr, dplyr, forcats, ggplot2, haven,
|
|
||||||
hms, httr, jsonlite, lubridate, magrittr, modelr, pillar, purrr,
|
|
||||||
readr, readxl, reprex, rlang, rstudioapi, rvest, stringr, tibble,
|
|
||||||
tidyr, xml2
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tinytex
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.22
|
|
||||||
Hash: 3caad813c309bf230229b9025ac0a28e
|
|
||||||
Requires: xfun
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: tweenr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.0.1
|
|
||||||
Hash: 886a0dfb929bf5e98642153ea88c0e55
|
|
||||||
Requires: Rcpp, farver, magrittr, rlang
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: utf8
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.1.4
|
|
||||||
Hash: f3f97ce59092abc8ed3fd098a59e236c
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: vctrs
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.2.4
|
|
||||||
Hash: e06451edcd80df3a07b71fe7f5d10739
|
|
||||||
Requires: digest, ellipsis, glue, rlang
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: viridis
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.5.1
|
|
||||||
Hash: 39edaec2078b4fc928afb73cc1ce6625
|
|
||||||
Requires: ggplot2, gridExtra, viridisLite
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: viridisLite
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.3.0
|
|
||||||
Hash: 78bb072c4f9e729a283d4c40ec93f9c6
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: whisker
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.4
|
|
||||||
Hash: 5b1ec05cd96c1e0c6048bab49abee3aa
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: withr
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.2.0
|
|
||||||
Hash: 709a3da4deef928ab299f4ff52caf66b
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: xfun
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 0.13
|
|
||||||
Hash: 27ad2c3d9cc614cfb92e1bb51b62f5f6
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: xml2
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.3.2
|
|
||||||
Hash: edbf29fd0ba88bfabf6b6a4c4db0982b
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: xtable
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 1.8-4
|
|
||||||
Hash: dc0d47261b678d26032363bebd050540
|
|
||||||
|
|
||||||
Package: yaml
|
|
||||||
Source: CRAN
|
|
||||||
Version: 2.2.1
|
|
||||||
Hash: 424bc11cc358f23187feaa7978628196
|
|
||||||
|
|
@ -1,19 +0,0 @@
|
||||||
auto.snapshot: FALSE
|
|
||||||
use.cache: FALSE
|
|
||||||
print.banner.on.startup: auto
|
|
||||||
vcs.ignore.lib: TRUE
|
|
||||||
vcs.ignore.src: FALSE
|
|
||||||
external.packages:
|
|
||||||
local.repos:
|
|
||||||
load.external.packages.on.startup: TRUE
|
|
||||||
ignored.packages:
|
|
||||||
ignored.directories:
|
|
||||||
data
|
|
||||||
inst
|
|
||||||
quiet.package.installation: TRUE
|
|
||||||
snapshot.recommended.packages: TRUE
|
|
||||||
snapshot.fields:
|
|
||||||
Imports
|
|
||||||
Depends
|
|
||||||
LinkingTo
|
|
||||||
symlink.system.packages: TRUE
|
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,793 @@
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"R": {
|
||||||
|
"Version": "4.0.0",
|
||||||
|
"Repositories": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"Name": "CRAN",
|
||||||
|
"URL": "https://cran.rstudio.com"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Packages": {
|
||||||
|
"BDgraph": {
|
||||||
|
"Package": "BDgraph",
|
||||||
|
"Version": "2.62",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"BH": {
|
||||||
|
"Package": "BH",
|
||||||
|
"Version": "1.72.0-3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"DBI": {
|
||||||
|
"Package": "DBI",
|
||||||
|
"Version": "1.1.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"DEoptimR": {
|
||||||
|
"Package": "DEoptimR",
|
||||||
|
"Version": "1.0-8",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Formula": {
|
||||||
|
"Package": "Formula",
|
||||||
|
"Version": "1.2-3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Hmisc": {
|
||||||
|
"Package": "Hmisc",
|
||||||
|
"Version": "4.4-0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"MASS": {
|
||||||
|
"Package": "MASS",
|
||||||
|
"Version": "7.3-51.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Matrix": {
|
||||||
|
"Package": "Matrix",
|
||||||
|
"Version": "1.2-18",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"R6": {
|
||||||
|
"Package": "R6",
|
||||||
|
"Version": "2.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"RColorBrewer": {
|
||||||
|
"Package": "RColorBrewer",
|
||||||
|
"Version": "1.1-2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"RMySQL": {
|
||||||
|
"Package": "RMySQL",
|
||||||
|
"Version": "0.10.20",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Rcpp": {
|
||||||
|
"Package": "Rcpp",
|
||||||
|
"Version": "1.0.4.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"RcppArmadillo": {
|
||||||
|
"Package": "RcppArmadillo",
|
||||||
|
"Version": "0.9.870.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"RcppEigen": {
|
||||||
|
"Package": "RcppEigen",
|
||||||
|
"Version": "0.3.3.7.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"abind": {
|
||||||
|
"Package": "abind",
|
||||||
|
"Version": "1.4-5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"acepack": {
|
||||||
|
"Package": "acepack",
|
||||||
|
"Version": "1.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"askpass": {
|
||||||
|
"Package": "askpass",
|
||||||
|
"Version": "1.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"assertthat": {
|
||||||
|
"Package": "assertthat",
|
||||||
|
"Version": "0.2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"backports": {
|
||||||
|
"Package": "backports",
|
||||||
|
"Version": "1.1.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"base64enc": {
|
||||||
|
"Package": "base64enc",
|
||||||
|
"Version": "0.1-3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"broom": {
|
||||||
|
"Package": "broom",
|
||||||
|
"Version": "0.5.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"callr": {
|
||||||
|
"Package": "callr",
|
||||||
|
"Version": "3.4.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cellranger": {
|
||||||
|
"Package": "cellranger",
|
||||||
|
"Version": "1.1.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"checkmate": {
|
||||||
|
"Package": "checkmate",
|
||||||
|
"Version": "2.0.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cli": {
|
||||||
|
"Package": "cli",
|
||||||
|
"Version": "2.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"clipr": {
|
||||||
|
"Package": "clipr",
|
||||||
|
"Version": "0.7.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cluster": {
|
||||||
|
"Package": "cluster",
|
||||||
|
"Version": "2.1.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"codetools": {
|
||||||
|
"Package": "codetools",
|
||||||
|
"Version": "0.2-16",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"colorspace": {
|
||||||
|
"Package": "colorspace",
|
||||||
|
"Version": "1.4-1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"corpcor": {
|
||||||
|
"Package": "corpcor",
|
||||||
|
"Version": "1.6.9",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"crayon": {
|
||||||
|
"Package": "crayon",
|
||||||
|
"Version": "1.3.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"curl": {
|
||||||
|
"Package": "curl",
|
||||||
|
"Version": "4.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"d3Network": {
|
||||||
|
"Package": "d3Network",
|
||||||
|
"Version": "0.5.2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"data.table": {
|
||||||
|
"Package": "data.table",
|
||||||
|
"Version": "1.12.8",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"dbplyr": {
|
||||||
|
"Package": "dbplyr",
|
||||||
|
"Version": "1.4.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"desc": {
|
||||||
|
"Package": "desc",
|
||||||
|
"Version": "1.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"digest": {
|
||||||
|
"Package": "digest",
|
||||||
|
"Version": "0.6.25",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"dplyr": {
|
||||||
|
"Package": "dplyr",
|
||||||
|
"Version": "0.8.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ellipsis": {
|
||||||
|
"Package": "ellipsis",
|
||||||
|
"Version": "0.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"entropy": {
|
||||||
|
"Package": "entropy",
|
||||||
|
"Version": "1.2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"evaluate": {
|
||||||
|
"Package": "evaluate",
|
||||||
|
"Version": "0.14",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"fansi": {
|
||||||
|
"Package": "fansi",
|
||||||
|
"Version": "0.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"farver": {
|
||||||
|
"Package": "farver",
|
||||||
|
"Version": "2.0.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"fastmap": {
|
||||||
|
"Package": "fastmap",
|
||||||
|
"Version": "1.0.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"fdrtool": {
|
||||||
|
"Package": "fdrtool",
|
||||||
|
"Version": "1.2.15",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"forcats": {
|
||||||
|
"Package": "forcats",
|
||||||
|
"Version": "0.5.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"foreach": {
|
||||||
|
"Package": "foreach",
|
||||||
|
"Version": "1.5.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"foreign": {
|
||||||
|
"Package": "foreign",
|
||||||
|
"Version": "0.8-79",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"fs": {
|
||||||
|
"Package": "fs",
|
||||||
|
"Version": "1.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"generics": {
|
||||||
|
"Package": "generics",
|
||||||
|
"Version": "0.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ggforce": {
|
||||||
|
"Package": "ggforce",
|
||||||
|
"Version": "0.3.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ggplot2": {
|
||||||
|
"Package": "ggplot2",
|
||||||
|
"Version": "3.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ggraph": {
|
||||||
|
"Package": "ggraph",
|
||||||
|
"Version": "2.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ggrepel": {
|
||||||
|
"Package": "ggrepel",
|
||||||
|
"Version": "0.8.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"glasso": {
|
||||||
|
"Package": "glasso",
|
||||||
|
"Version": "1.11",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"glmnet": {
|
||||||
|
"Package": "glmnet",
|
||||||
|
"Version": "3.0-2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"glue": {
|
||||||
|
"Package": "glue",
|
||||||
|
"Version": "1.4.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"graphlayouts": {
|
||||||
|
"Package": "graphlayouts",
|
||||||
|
"Version": "0.7.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"gridExtra": {
|
||||||
|
"Package": "gridExtra",
|
||||||
|
"Version": "2.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"gtable": {
|
||||||
|
"Package": "gtable",
|
||||||
|
"Version": "0.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"gtools": {
|
||||||
|
"Package": "gtools",
|
||||||
|
"Version": "3.8.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"haven": {
|
||||||
|
"Package": "haven",
|
||||||
|
"Version": "2.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"highr": {
|
||||||
|
"Package": "highr",
|
||||||
|
"Version": "0.8",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"hms": {
|
||||||
|
"Package": "hms",
|
||||||
|
"Version": "0.5.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"htmlTable": {
|
||||||
|
"Package": "htmlTable",
|
||||||
|
"Version": "1.13.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"htmltools": {
|
||||||
|
"Package": "htmltools",
|
||||||
|
"Version": "0.4.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"htmlwidgets": {
|
||||||
|
"Package": "htmlwidgets",
|
||||||
|
"Version": "1.5.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"httpuv": {
|
||||||
|
"Package": "httpuv",
|
||||||
|
"Version": "1.5.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"httr": {
|
||||||
|
"Package": "httr",
|
||||||
|
"Version": "1.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"huge": {
|
||||||
|
"Package": "huge",
|
||||||
|
"Version": "1.3.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"igraph": {
|
||||||
|
"Package": "igraph",
|
||||||
|
"Version": "1.2.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"isoband": {
|
||||||
|
"Package": "isoband",
|
||||||
|
"Version": "0.2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"iterators": {
|
||||||
|
"Package": "iterators",
|
||||||
|
"Version": "1.0.12",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"jpeg": {
|
||||||
|
"Package": "jpeg",
|
||||||
|
"Version": "0.1-8.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"jsonlite": {
|
||||||
|
"Package": "jsonlite",
|
||||||
|
"Version": "1.6.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"knitr": {
|
||||||
|
"Package": "knitr",
|
||||||
|
"Version": "1.28",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"labeling": {
|
||||||
|
"Package": "labeling",
|
||||||
|
"Version": "0.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"later": {
|
||||||
|
"Package": "later",
|
||||||
|
"Version": "1.0.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lattice": {
|
||||||
|
"Package": "lattice",
|
||||||
|
"Version": "0.20-41",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"latticeExtra": {
|
||||||
|
"Package": "latticeExtra",
|
||||||
|
"Version": "0.6-29",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lavaan": {
|
||||||
|
"Package": "lavaan",
|
||||||
|
"Version": "0.6-5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lifecycle": {
|
||||||
|
"Package": "lifecycle",
|
||||||
|
"Version": "0.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lubridate": {
|
||||||
|
"Package": "lubridate",
|
||||||
|
"Version": "1.7.8",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"magrittr": {
|
||||||
|
"Package": "magrittr",
|
||||||
|
"Version": "1.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"markdown": {
|
||||||
|
"Package": "markdown",
|
||||||
|
"Version": "1.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"matrixcalc": {
|
||||||
|
"Package": "matrixcalc",
|
||||||
|
"Version": "1.0-3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"mgcv": {
|
||||||
|
"Package": "mgcv",
|
||||||
|
"Version": "1.8-31",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"mgm": {
|
||||||
|
"Package": "mgm",
|
||||||
|
"Version": "1.2-9",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"mime": {
|
||||||
|
"Package": "mime",
|
||||||
|
"Version": "0.9",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"mnormt": {
|
||||||
|
"Package": "mnormt",
|
||||||
|
"Version": "1.5-7",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"modelr": {
|
||||||
|
"Package": "modelr",
|
||||||
|
"Version": "0.1.7",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"munsell": {
|
||||||
|
"Package": "munsell",
|
||||||
|
"Version": "0.5.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"nlme": {
|
||||||
|
"Package": "nlme",
|
||||||
|
"Version": "3.1-147",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"nnet": {
|
||||||
|
"Package": "nnet",
|
||||||
|
"Version": "7.3-14",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"numDeriv": {
|
||||||
|
"Package": "numDeriv",
|
||||||
|
"Version": "2016.8-1.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"openssl": {
|
||||||
|
"Package": "openssl",
|
||||||
|
"Version": "1.4.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"packrat": {
|
||||||
|
"Package": "packrat",
|
||||||
|
"Version": "0.5.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pbapply": {
|
||||||
|
"Package": "pbapply",
|
||||||
|
"Version": "1.4-2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pbivnorm": {
|
||||||
|
"Package": "pbivnorm",
|
||||||
|
"Version": "0.6.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pillar": {
|
||||||
|
"Package": "pillar",
|
||||||
|
"Version": "1.4.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pkgbuild": {
|
||||||
|
"Package": "pkgbuild",
|
||||||
|
"Version": "1.0.7",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pkgconfig": {
|
||||||
|
"Package": "pkgconfig",
|
||||||
|
"Version": "2.0.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"pkgload": {
|
||||||
|
"Package": "pkgload",
|
||||||
|
"Version": "1.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"plogr": {
|
||||||
|
"Package": "plogr",
|
||||||
|
"Version": "0.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"plyr": {
|
||||||
|
"Package": "plyr",
|
||||||
|
"Version": "1.8.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"png": {
|
||||||
|
"Package": "png",
|
||||||
|
"Version": "0.1-7",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"polyclip": {
|
||||||
|
"Package": "polyclip",
|
||||||
|
"Version": "1.10-0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"praise": {
|
||||||
|
"Package": "praise",
|
||||||
|
"Version": "1.0.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"prettyunits": {
|
||||||
|
"Package": "prettyunits",
|
||||||
|
"Version": "1.1.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"processx": {
|
||||||
|
"Package": "processx",
|
||||||
|
"Version": "3.4.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"progress": {
|
||||||
|
"Package": "progress",
|
||||||
|
"Version": "1.2.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"promises": {
|
||||||
|
"Package": "promises",
|
||||||
|
"Version": "1.1.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ps": {
|
||||||
|
"Package": "ps",
|
||||||
|
"Version": "1.3.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"psych": {
|
||||||
|
"Package": "psych",
|
||||||
|
"Version": "1.9.12.31",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"purrr": {
|
||||||
|
"Package": "purrr",
|
||||||
|
"Version": "0.3.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"qgraph": {
|
||||||
|
"Package": "qgraph",
|
||||||
|
"Version": "1.6.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"readr": {
|
||||||
|
"Package": "readr",
|
||||||
|
"Version": "1.3.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"readxl": {
|
||||||
|
"Package": "readxl",
|
||||||
|
"Version": "1.3.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rematch": {
|
||||||
|
"Package": "rematch",
|
||||||
|
"Version": "1.0.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"reprex": {
|
||||||
|
"Package": "reprex",
|
||||||
|
"Version": "0.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"reshape2": {
|
||||||
|
"Package": "reshape2",
|
||||||
|
"Version": "1.4.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rjson": {
|
||||||
|
"Package": "rjson",
|
||||||
|
"Version": "0.2.20",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rlang": {
|
||||||
|
"Package": "rlang",
|
||||||
|
"Version": "0.4.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rmarkdown": {
|
||||||
|
"Package": "rmarkdown",
|
||||||
|
"Version": "2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"robustbase": {
|
||||||
|
"Package": "robustbase",
|
||||||
|
"Version": "0.93-6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rpart": {
|
||||||
|
"Package": "rpart",
|
||||||
|
"Version": "4.1-15",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rprojroot": {
|
||||||
|
"Package": "rprojroot",
|
||||||
|
"Version": "1.3-2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rstudioapi": {
|
||||||
|
"Package": "rstudioapi",
|
||||||
|
"Version": "0.11",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"rvest": {
|
||||||
|
"Package": "rvest",
|
||||||
|
"Version": "0.3.5",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"scales": {
|
||||||
|
"Package": "scales",
|
||||||
|
"Version": "1.1.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"selectr": {
|
||||||
|
"Package": "selectr",
|
||||||
|
"Version": "0.4-2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"shape": {
|
||||||
|
"Package": "shape",
|
||||||
|
"Version": "1.4.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"shiny": {
|
||||||
|
"Package": "shiny",
|
||||||
|
"Version": "1.4.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"sourcetools": {
|
||||||
|
"Package": "sourcetools",
|
||||||
|
"Version": "0.1.7",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"stringi": {
|
||||||
|
"Package": "stringi",
|
||||||
|
"Version": "1.4.6",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"stringr": {
|
||||||
|
"Package": "stringr",
|
||||||
|
"Version": "1.4.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"survival": {
|
||||||
|
"Package": "survival",
|
||||||
|
"Version": "3.1-12",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"sys": {
|
||||||
|
"Package": "sys",
|
||||||
|
"Version": "3.3",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"testthat": {
|
||||||
|
"Package": "testthat",
|
||||||
|
"Version": "2.3.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tibble": {
|
||||||
|
"Package": "tibble",
|
||||||
|
"Version": "3.0.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tidygraph": {
|
||||||
|
"Package": "tidygraph",
|
||||||
|
"Version": "1.1.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tidyr": {
|
||||||
|
"Package": "tidyr",
|
||||||
|
"Version": "1.0.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tidyselect": {
|
||||||
|
"Package": "tidyselect",
|
||||||
|
"Version": "1.0.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tidyverse": {
|
||||||
|
"Package": "tidyverse",
|
||||||
|
"Version": "1.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tinytex": {
|
||||||
|
"Package": "tinytex",
|
||||||
|
"Version": "0.22",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"tweenr": {
|
||||||
|
"Package": "tweenr",
|
||||||
|
"Version": "1.0.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"utf8": {
|
||||||
|
"Package": "utf8",
|
||||||
|
"Version": "1.1.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"vctrs": {
|
||||||
|
"Package": "vctrs",
|
||||||
|
"Version": "0.2.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"viridis": {
|
||||||
|
"Package": "viridis",
|
||||||
|
"Version": "0.5.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"viridisLite": {
|
||||||
|
"Package": "viridisLite",
|
||||||
|
"Version": "0.3.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"whisker": {
|
||||||
|
"Package": "whisker",
|
||||||
|
"Version": "0.4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"withr": {
|
||||||
|
"Package": "withr",
|
||||||
|
"Version": "2.2.0",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"xfun": {
|
||||||
|
"Package": "xfun",
|
||||||
|
"Version": "0.13",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"xml2": {
|
||||||
|
"Package": "xml2",
|
||||||
|
"Version": "1.3.2",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"xtable": {
|
||||||
|
"Package": "xtable",
|
||||||
|
"Version": "1.8-4",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"yaml": {
|
||||||
|
"Package": "yaml",
|
||||||
|
"Version": "2.2.1",
|
||||||
|
"Source": "CRAN"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||||
|
## renv_install: installs renv onto machine
|
||||||
|
rule renv_install:
|
||||||
|
shell:
|
||||||
|
"R -e 'install.packages(\"renv\", repos=\"http://cran.us.r-project.org\")'"
|
||||||
|
|
||||||
|
## renv_install: initialize a renv environment for this project
|
||||||
|
rule renv_init:
|
||||||
|
shell:
|
||||||
|
"R -e 'renv::init()'"
|
||||||
|
|
||||||
|
## renv_snap : Look for new R packages in files & archives them
|
||||||
|
rule renv_snap:
|
||||||
|
shell:
|
||||||
|
"R -e 'renv::snapshot()'"
|
||||||
|
|
||||||
|
## renv_restore: Installs archived packages onto a new machine
|
||||||
|
rule renv_restore:
|
||||||
|
shell:
|
||||||
|
"R -e 'renv::restore()'"
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(RMySQL)
|
library(RMySQL)
|
||||||
library(stringr)
|
library(stringr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(RMySQL)
|
library(RMySQL)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library("tidyverse")
|
library("tidyverse")
|
||||||
library(readr)
|
library(readr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(readr)
|
library(readr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(stringr)
|
library(stringr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library("tidyverse")
|
library("tidyverse")
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library("tidyverse")
|
library("tidyverse")
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(entropy)
|
library(entropy)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,7 +1,7 @@
|
||||||
# If you want to implement extra features, source(..) a new file and duplicate the line "features <- merge(...)", then
|
# If you want to implement extra features, source(..) a new file and duplicate the line "features <- merge(...)", then
|
||||||
# swap base_sms_features(...) for your own function
|
# swap base_sms_features(...) for your own function
|
||||||
|
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
source("src/features/sms/sms_base.R")
|
source("src/features/sms/sms_base.R")
|
||||||
library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
|
library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,8 +1,17 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
library(purrr)
|
library(purrr)
|
||||||
library(dplyr)
|
library(dplyr)
|
||||||
|
library("methods")
|
||||||
|
library("mgm")
|
||||||
|
library("qgraph")
|
||||||
|
library("dplyr")
|
||||||
|
library("scales")
|
||||||
|
library("ggplot2")
|
||||||
|
library("purrr")
|
||||||
|
library("tidyr")
|
||||||
|
library("reshape2")
|
||||||
|
|
||||||
feature_files <- snakemake@input[["feature_files"]]
|
feature_files <- snakemake@input[["feature_files"]]
|
||||||
phone_valid_sensed_days <- snakemake@input[["phone_valid_sensed_days"]]
|
phone_valid_sensed_days <- snakemake@input[["phone_valid_sensed_days"]]
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
|
|
||||||
library(tidyr)
|
library(tidyr)
|
||||||
library(purrr)
|
library(purrr)
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -18,7 +18,7 @@ output:
|
||||||
---
|
---
|
||||||
|
|
||||||
```{r include=FALSE}
|
```{r include=FALSE}
|
||||||
source("packrat/init.R")
|
source("renv/activate.R")
|
||||||
```
|
```
|
||||||
|
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## Overall phone compliance
|
## Overall phone compliance
|
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